灰指甲的治疗根据病情程度的不同，可分别选用以外治和内治为主的不同方法治疗。

轻度

对于表浅的、较轻的、单发的灰指甲，可先用小刀尽量刮去病甲，再外擦抗真菌药，如30﹪的冰醋酸、咪唑类、丙烯胺类等霜剂或溶液。每日1~2次，坚持3个月左右，大多可达到满意的治疗效果。拔甲术可治好部分甲病，但痛苦大，易复发。局部用50﹪的碘化钾或40﹪尿素软膏后包裹常常效果更好，且不会造成损伤。近年来用8﹪环吡酮或5﹪阿莫罗芬甲涂剂，在甲表面形成一层非水溶性高粘附性的药膜，有较强的抗真菌作用。

重度

严重的灰指甲常需内服抗真菌药物。灰黄霉素对由皮肤癣菌引起的灰指甲有效，但对由酵母菌或其他霉菌引起者效果不大。酮康唑对灰指甲很有效，但因其有肝毒性，临床应用范围受到了一定的限制。此外常用内服的抗真菌药还有伊曲康唑、特比萘芬和氟康唑等，效果都比较明显。内服药物治疗灰指甲的基本原理是药物通过血液到达甲根部及甲床后弥散入甲板，抑制甲组织中的真菌，随着新甲的生长将病变甲向前推移，最终代替病甲。因此内服药物的疗程取决于药物在甲组织中的含量、持续时间以及甲的生长速度。