卵巢巧克力囊肿需要定期做B超检查，药物治疗或手术治疗等。一、如果卵巢巧克力囊肿很小，比如两个厘米或者三个厘米，这种卵巢的巧克力囊肿不需要特殊的处理，只需要定期随访B超和肿瘤标志物C125就可以，每三个月或者3到6个月做一次B超，经阴道的超声，同时抽血查一下C125，看看C125有没有特别的升高，因为特别的升高就怀疑巧克力囊肿是否有恶变，那个时候需要重视；如果要是说C125也很平稳、轻度升高，同时B超提示卵巢巧克力囊肿也就是两三个厘米，也没有过度的增大定期复查就可以。二、如果卵巢巧克力囊肿比较大，比如超过五个厘米的卵巢巧克力囊肿，这种情况就建议手术，卵巢巧克力囊肿痛经比较明显，就是囊肿导致输卵管性的不怀孕，这些卵巢巧克力囊肿都需要进行处理。卵巢巧克力囊肿的处理主要就是手术治疗，而手术治疗主要就选择腹腔镜下的卵巢巧克力囊肿的剔除术。要做好密切随访。还有一些治疗方式，比如说可以打GnRH-a这种药物治疗，保守性治疗还是比较少的。

巧克力囊肿手术治疗是首选。药物治疗主要达到卵巢抑制目的，或“假孕”和“假绝经”。目前常用药物是孕激素、内美通和促性腺激素释放激素激动剂等。促性腺激素释放激素激动剂作用机制是通过下调垂体促性腺激素分泌，抑制卵巢释放雌、孕激素，造成体内低雌激素状态，起到暂时性药物“去势”作用，使异位内膜萎缩达到治疗目的。研究证明促性腺激素释放激素激动剂有效且安全，主要副反应是低雌激素状态引起更年期症状，如潮热、出汗、阴道干涩、烦躁、抑郁及骨质丟失、关节痛等。为改善用药者症状，需同时补充少量雌激素，即“反向添加”治疗，目的改善低雌激素状态的同时，不促进内异症病灶复发。“反向添加”除可明显改善症状外，骨密度下降也会减少。对内异症引起疼痛治疗办法最多，但特效药不多，治疗效果不理想。可首选非甾体类消炎药，如布洛芬等。若没有生育要求，可放置曼月乐治疗。

巧克力囊肿若明确是子宫内膜异位症导致的，要超声引导下把囊液抽出来，再辅助药物治疗；若为浆液性或粘性囊腺瘤，先将其剥掉，做病理性分析，根据结果对症处理。一、首先看囊肿体积有多大。囊肿直径超过四公分时，应处理。若患者由于不孕症检查到囊肿只有两三个公分时，也应干预。明确是卵巢子宫内膜异位症造成的囊肿，可对囊肿进行抽吸。超声引导下把囊液抽出来，再辅助药物治疗；二、卵巢浆液性或粘性囊腺瘤，里边是咖啡色液体，应把囊肿剥下，进行病理检查。当患者就诊第一次发现卵巢有一个囊肿，高度怀疑是卵巢巧克力囊肿，当直径超过四厘米时，建议患者手术分离，将其剥下来，做病理检查，确认是卵巢子宫内膜异位囊肿后，再进行相应治疗。

巧克力囊肿患者服用药物前，首先应明确巧克力囊肿性质，再选择合适药物治疗。浆液性囊腺瘤或粘性囊腺瘤，药物治疗无效。卵巢子宫内膜异位囊肿，可借助激素类药物抑制月经来潮，以此达到防止囊肿出血、继续长大的目的。也可借助中药治疗卵巢子宫内膜异位囊肿，其对患者并发痛经症状作用效果较好，但对囊肿增长抑制作用不大。一、浆液性囊腺瘤或粘性囊腺瘤，药物治疗无效；二、卵巢子宫内膜异位囊肿，可通过药物治疗，控制继续生长。但对于已经长出的囊肿，服用药物无法促使其消退，可用激素类药物抑制月经。一般只要不来月经，囊肿就不会出现继发出血以及变大。若月经正常来潮，囊肿继续长大可能性很大。有些中药也可治疗卵巢子宫内膜异位症，但中药对于缓解卵巢巧克力囊肿导致的痛经，效果比较好，对控制卵巢囊肿继续长大效果较差。

巧克力囊肿治疗，可以采用药物或手术的方法治疗。强调个体化治疗，主张选对药物积极治疗，并结合密切随访复查，注意卵巢囊肿的性质变化，症状轻或无症状的轻微病变患者选用期待疗法。有生育要求的轻度患者明确诊断后先行药物治疗，病情重者行保留生育功能的手术。年轻但无生育要求的重症患者，可行保留卵巢功能手术，并辅以药物治疗，症状及病变均严重的无生育要求患者可以进行根治性手术。手术方法有开腹手术和腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是最佳的处理方法，目前以腹腔镜确诊加手术以及药物为内异症治疗金标准。迄今为止，除根治性的手术外，还没有理想的根治方法，无论是药物治疗或保守性的手术治疗，都有相当高的复发率。因此应该根据患者年龄、症状、体征、病变范围以及对生育要求，患者的主观愿望等因素加以选择。