尿道口下裂是可能的原因包括睾酮和二氢睾酮合成不足(5α还原酶缺乏或缺乏)， 雄激素受体大量和定量缺乏。 类固醇激素的合成在正常的生殖器官发育中起着非常重要的作用。 孕激素暴露于尿道下裂也参与了尿道下裂的形成。IVF(早孕孕酮)所致尿道下裂的发生率明显增加。引起尿道下裂的可能原因，如环境因素和内分泌干扰引起了极大的关注，但仍不清楚。