心内膜炎的形成原因可以认为是微生物感染引起心脏瓣膜炎症，形成新的生物，发生心内膜炎症，另外，在 室间隔缺损、 法洛四联症或动脉管未闭合、或者 二尖瓣狭窄的情况下，收集患者易受内皮损伤的血小板等某些物质形成微血栓或纤维蛋白，沉积于损伤的内皮，形成无菌性赘物，也会出现同样的心内膜炎症变化，引起患者心内膜炎症。