胚胎早期， 胎儿的 肛门和直肠不分开，直肠和膀胱连接在一起，形成一个称为泄殖腔的腔。当胚胎在第七周发育时，中胚层向下生长，将直肠从泌尿生殖窦、直肠到会阴分离，尿生殖窦形成膀胱、尿道或阴道。第9周，直肠向下延伸，穿透 骨盆和肛门膜，并与原肛门连接形成直肠和肛门。在此期间，由于某种原因，盆腔膈肌或肛管不能被直肠刺穿，导致先天性肛门闭锁，其中婴儿没有肛门，俗称肛门闭锁。