卵巢早衰事实上是多因素综合作用的结果。最重要的是遗传因素，比如携带脆X综合征基因的女性，出现卵巢早衰的概率会明显增加。一些其他的基因异常也可以导致卵巢早衰的出现。其次，除遗传因素外，一些其他因素也可能导致卵巢早衰，最常见的是卵巢的一些病变，像卵巢的 子宫内膜异位症，可能导致卵巢的实质破坏，从而导致卵巢早衰。另外，一些其他的卵巢良性或者 恶性肿瘤也会导致卵巢的组织受损，尤其是卵巢的一些手术过程中，导致卵巢组织的部分丢失，可能会增加卵巢早衰的概率。除此之外，一些特殊的药物，比如紧急避孕药或者一些化疗类药物，对卵巢会有明显的伤害，也会导致卵巢早衰的出现。