大多数的卵巢囊肿是不会癌变。卵巢的生理性囊肿，一般在月经过后会自行消失，不需要进行处理，也不会发生癌变。 子宫内膜异位症导致的 巧克力囊肿是由于异位的子宫内膜组织种植和侵犯到卵巢组织形成的病理性囊肿。可能会形成浆液性囊腺癌等，但几率比较低。如果 巧克力囊肿患者发现囊肿突然的迅速地长大等异常，要及时进行超声检查以及肿瘤标记物的检查，肿瘤标记物CA125，判断是否有恶变。卵巢的上皮性肿瘤也有可能发生恶变，要密切的观察，通过妇科检查、超声检查和肿瘤标记物的辅助检查，密切随访，及时发现恶变。