肛周脓肿的主要症状是肛门疼痛。这种疼痛是持续性的，与大便无关。疼痛剧烈时坐卧不安， 食欲不振，同时有的患者会发现肛门周围有肿块，或伴有排便困难的症状。得了本病多有不同程度的发烧，白细胞高，发烧和白细胞增高的程度标志脓肿的深浅和范围的大小。肛周浅部脓肿一般好识别，但对深部脓肿，由于只以发烧为主，而肛门疼痛不明显，有时容易误诊。这种患者局部表现的不是疼痛，而是肛门直肠坠胀，便意频频，容易被忽视。曾有这样一例患者，持续高烧不退，在急诊科被当作“上 呼吸道感染”抗炎治疗，家属在给患者擦身时发现肛周皮肤发黑，要求会诊。