全国治疗小儿消化不良比较好的三级医院包括首都医科大学附属北京儿童医院、复旦大学附属儿科医院、重庆医科大学附属儿童医院、广州市妇女儿童医疗中心、浙江大学医学院附属儿童医院.榜单医院是博禾医院库基于复旦医院排行榜、省市卫健委、卫生部以及医院等级评级和当地影响力综合产生。首都医科大学附属北京儿童医院是全国小儿外科医院排行榜第1位、复旦大学附属儿科医院是全国小儿外科医院排行榜第2位、重庆医科大学附属儿童医院是全国小儿外科医院排行榜第3位、广州市妇女儿童医疗中心是全国小儿外科医院排行榜第4位、浙江大学医学院附属儿童医院是全国小儿外科医院排行榜第5位。
全国小儿外科医院排行榜第1名:北京儿童医院是集医疗、科研、教学、保健于一体的三级甲等综合性儿科医院，前身是我国现代儿科医学奠基人诸福棠院士于1942年创办的北平私立儿童医院。2017年批准北京儿童医院成为国家儿童医学中心(北京)。
全国小儿外科医院排行榜第2名:复旦大学附属儿科医院创建于1952年，系国家卫计委预算管理单位、三级甲等医院，是集医、教、研、防为一体的综合性儿童专科医院，最早被国家授予儿科学硕士、博士学位授权点、临床医学博士后流动站。
全国小儿外科医院排行榜第3名:重庆医科大学附属儿童医院于1956年由上海医学院儿科系迁渝创建，是集医教研为一体的国家三级甲等综合性儿童医院，最早被国家授予儿科学硕士、博士后流动站，在全国最佳医院排行榜中位居全国儿童医院第三位。
全国小儿外科医院排行榜第4名:广州市妇女儿童医疗中心（以下简称“妇儿中心”）是集预防、医疗、保健、科研、教学为一体，形成了多专业、跨学科医疗保健立体服务体系的医疗机构。也是广东省唯一进入全国前百名医院的妇幼保健机构。
全国小儿外科医院排行榜第5名:浙江大学医学院附属儿童医院作为儿科学国家重点专科单位，医院承担着全省儿科医疗、科研、教学、儿童保健及突发性公共卫生事件应急任务。医院现设有滨江和湖滨两院区，核定床位1900张，现有职工共2400人。
