手足口病的初期症状表现为发热、口痛、厌食、口腔黏膜出现疱疹或者溃疡。
手足口病多发生在五岁以下的儿童，潜伏期多为是2到10天，平均为3到5天。普通患者的表现，起病比较急，发、口痛、厌食、口腔黏膜出现散在的疱疹或溃疡，位于舌夹黏膜及硬额处为多。牙龈、扁桃体和咽部、手、口、足、臀部、腿部可以出现斑丘疹。继而转为疱疹，疱疹周围可以淡红色红晕，泡内液体较少，手足部较多。消退后，一般不留痕迹，无 色素沉着，部分病例仅表现为皮疹或疱疹性眼睑炎多在一周内痊愈，预后良好。
重症病例表现，少数病例尤其是小于三岁的患者，病情进展迅速，在发病1到5天内出现脑炎，而以脑干脑炎最为凶险。肺水肿，少数患者病情危重，可致死亡。存活病例可以有后遗症，包括神经系统并发症的表现，比如精神差、头痛、呕吐，甚至昏迷。合并中枢神经系统症状于两岁以内的患儿多见，呼吸系统表现的主要是肺水肿，包括呼吸表浅、口唇发干、粉红色泡沫样痰。循环系统的表现，可以并发心肌炎，比如面色苍灰、皮肤花白、休克的表现。