全国传染科二甲医院排行榜排名靠前的医院有复旦大学附属华山医院、浙江大学医学院附属第一医院、北京协和医院、南方医科大学南方医院、瑞金医院,榜单医院是博禾医院库基于复旦医院排行榜、省市卫健委、卫生部以及医院等级评级和当地影响力综合产生。其中复旦大学附属华山医院是全国传染感染医院排行榜第1位、浙江大学医学院附属第一医院是全国传染感染医院排行榜第2位、北京协和医院是全国传染感染医院排行榜第3位、南方医科大学南方医院是全国传染感染医院排行榜第4位、瑞金医院是全国传染感染医院排行榜第5位。

全国传染感染医院排行榜第1名:复旦大学附属华山医院创建于1907年，是国家卫生计生委委属医院、复旦大学附属教学医院和中国红十字会冠名的医院，1992年首批通过国家三级甲等医院评审，是国内最著名、最具国际化特征的医教研中心之一。

全国传染感染医院排行榜第2名:浙江大学医学院附属第一医院建院于1947年，是浙江大学创建的首家附属医院，秉持“严谨求实 卓越创新 国际一流”的发展理念，以综合实力雄厚、医疗质量过硬、学科特色鲜明享誉海内外。

全国传染感染医院排行榜第3名:北京协和医院是集医疗、教学、科研于一体的现代化综合三级甲等医院，是国家卫生健康委指定的全国疑难重症诊治指导中心，最早承担干部保健和外宾医疗任务的医院之一，在国家三级公立医院绩效考核中两次排名第一。

全国传染感染医院排行榜第4名:南方医院系南方医科大学（原第一军医大学）第一附属医院、第一临床医学院，是一所集医疗、教学、科研和预防保健为一体的大型综合性三级甲等医院，全国百佳医院。医院创建于1941年。

全国传染感染医院排行榜第5名:瑞金医院建于1907年，原名广慈医院，是一所集医疗、教学、科研为一体的三级甲等综合性医院，有着百年的深厚底蕴。医院占地面积12万平方米，建筑面积30万平方米，绿化面积4万平方米。