对于患有先天性胆管扩张的病人来讲，通过手术治疗方法，进行扩张胆管的切除，最好是进行完整的切除手术，以避免残留，导致后期出现病变的可能。手术是在切除段的近端胆管和空肠，进行胆肠吻合，即胆肠吻合术，给胆道进行改道手术。这种胆道和肠道的手术，是改变胆道和肠道的正常结构，肝内胆道的环境会发生改变，也有可能会出现反流性胆管炎。所以，如果胆管炎反复发作，对肝功能就会产生一定的影响。
除此之外，长期反复发作的胆管炎，还可能会导致患者形成 肝内胆管结石。所以，如果进行先天性胆管扩张的切除手术，患者在术后注意事项是，要注意进行定期的 肝功能检查、超声检查、CT检查或者是核磁影像学的检查，以排除后期或者是远期 并发症的发生。