甲状腺结节是由多种病因引起的，一般有碘摄入不足、服用致甲状腺的药物、食物，甲状腺炎症等。
增生性的结节性甲状腺肿一般是由于碘摄入量不足，或者是使用致甲状腺肿的食物、药物，或者是甲状腺激素合成酶缺陷引起的。肿瘤性的结节是甲状腺滤泡细胞和非滤泡细胞的恶性肿瘤，以及一些的转移癌引起的。
还有一些囊肿，比如结节性甲状腺肿，或者限流退役性变和陈旧性出血引起的囊性变，以及甲状腺癌的囊性变等也会出现结节。急性化脓性甲状腺炎、 亚急性甲状腺炎，还有慢性淋巴性细胞性甲状腺炎，也都以结节的形式出现。极少数的情况下的 甲状腺结节是由 结核或梅毒引起的。