检查通常需要30分钟至1小时。为确保检查顺利进行，检查前通常需要给予适量解痉药物或镇静剂， 注射药物后可能会出现一过性视物模糊、 心率加快等症状，但通常会很快缓解，无需过于担心。同时为便于给药，还需建立静脉通路，并进行咽部喷雾麻醉以减轻咽部反射。
检查时，患者通常需取俯卧位或左侧卧位，口含牙垫以防止牙或内镜受损。如需采取无痛检查，检查前还需给予适量 麻醉剂。准备就绪后医务人员会经口缓慢导入内镜，沿食管、胃逐渐向前推进，直至到达十二指肠。待明确十二指肠乳头部位后，插入专用导管并注入造影剂。在X线透视下观察胰胆管显影情况并摄片。
如经诊断评估需进行相应治疗，医务人员还可通过内镜利用相应器械实施十二指肠乳头括约肌切开术、球囊扩张术、取石术或碎石术以及鼻胆管引流术、胆管内支架植入术等相应治疗。