肝癌发病原因多数是乙肝或丙肝的慢性肝病引起。
肝癌的发病原因比较复杂，因为肿瘤是多种原因和多种基因变异的结果，不能针对某一点来进行阻断，就能达到根治肝癌的目的。在中国多数的肝癌病因是跟乙肝、肝硬化引起，80%以上肝癌患者都是合并乙型肝炎，引起肝硬化。 丙型肝炎和 酒精肝背景下发展来的肝癌比较多。
原发性肝癌做诊断时，要结合基础病史和肝脏的背景，在肝硬化的背景下，发现大于1cm的动脉区有活性的肿瘤，就会考虑是肝癌。但对于没有肝硬化患者，要进行有效的鉴别诊断。很多情况下都是通过发展出的肝癌，跟乙肝病毒在干细胞内的变异和复制，有非常密切的关系。还有化学因素、吸烟饮酒、 黄曲霉素感染等，可能都跟肝癌的发生有一定的关系。