孩子打流脑疫苗发烧39℃可能是打疫苗的原因，也有可能是流行性感冒、扁桃体炎导致。可以通过口服药物进行治疗。
1、打疫苗的原因：打流脑疫苗是预防流行性脑脊髓膜炎的疫苗，如果患者对疫苗成分过敏，在打完疫苗之后会出现发烧的情况，同时皮肤还有可能会出现严重的瘙痒感，需要及时就医并服用退烧药，比如布洛芬混悬液、小儿柴桂退热颗粒等。
2、流行性感冒：孩子在打完流脑疫苗之后，低抵抗力会出现下降的情况，容易受到病毒的感染引起流行性感冒的发生，患病之后会出现发烧39℃的情况，并伴有鼻塞、流鼻涕等症状，可以在开云电子平台指导下口服、蒲地蓝消炎口服液等药物治疗。
3、扁桃体炎：如果孩子在打了流脑疫苗之后吃了辛辣刺激性的食物，会引起扁桃体炎的发生，患病之后容易引起患者出现发烧、咽喉肿痛等症状，可以在开云电子平台指导下口服小儿咽扁颗粒、蓝芩口服液等药物治疗。
患者在治疗期间可以适当的多喝水，对促进病情恢复有帮助。
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