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1、性器官等异常先天异常：睾丸的先天发育异常包括无睾症，曲细精管发育不良，XYY综合征，男性假两性畸形等。症候群的染色体核型多为47,XXY；患者乳腺女性化；睾丸小而硬，曲细精管玻璃样变，纤维化，精子发生完全停止或严重减少。雄性不育症也是男性不育症的重要原因。
精子下降异常时曲细精管内生殖细胞数量减少，睾丸体积和重量也减小。腹壁或腹腔内睾丸位置越高，对曲细精管的损害就越严重。如果不治疗，双侧睾丸下降异常的患者生育的可能性很小。
2、输精管梗阻：输精管、精囊等先天性缺损，特征是精液量少，常少于1ml，精浆中无果糖；双侧附睾结核等炎症性梗阻；射精管梗阻较少见。术中损伤或输精管结扎；以及前列腺炎、精囊炎都会导致精液质量的显著下降。
3、精索静脉曲张：可造成睾丸血液淤积，有效血流量减少，损害生精正常微环境，然后使精原细胞退化、萎缩，精子生成减少，精子活力下降，畸形精子增多，严重时可无精子。
促性腺激素合成或分泌功能障碍是引起内分泌异常的主要原因。卡尔曼综合征又称选择性促性腺功能低下性腺功能减退症，是GnRH在下丘脑的脉冲释放异常，是一种常染色体隐性遗传病。其临床表现为性成熟障碍，嗅觉减退，睾丸细小，睾丸下降异常，阴茎细小，尿道下裂。血睾酮水平较低，LH和FSH均在同一年龄组范围内。
