1、受个体基因影响，染色体异常导致精子畸形。
2、环境因素：阴囊局部长期高热，长期酗酒，可损害睾丸生精细胞功能，干扰精子生长成熟，从而导致精子畸形。受放射线照射的睾丸、附睾和精囊腺可导致精子突变，导致精子畸形症。辐射强度、照射时间对红细胞突变有影响。
3、泌尿性器官感染kaiyun全站网页版登陆，睾丸炎并发腮腺炎，先天性睾丸发育不良，慢性中毒，附睾结核，精神过度紧张，营养不良，性生活频率过高，精索静脉曲张等均可影响精子形成。
4、使用激素或某些化学药物，如：常用镇静剂、抗癌剂、化学药物中的马利兰、呋喃类药物、激素类药物也会干扰精原细胞分裂和精子成熟，也是导致精子高度畸形的常见原因。
中医认为造成精子畸形的原因在于肾阴阳失调，气虚无力化生真精会导致精子异常，使精子面目改变。与此同时肾阳耗损，相火偏盛，也会使精子烧伤，精子形成异常形态。
重要的是，当夫妇们进行性生活并完成射精时，庞大的精子大军通过大约30cm长的输精管输送，注入女性阴道。精子队还需要在阴道里进行一次大约10cm的竞赛，输卵管则需要15cm左右，对于精子来说，这是一次无与伦比的现代人类国际田径大赛——马拉松比赛，同样也只有优胜者中的才有机会赢得比赛，将卵子结合在一起孕育出健康的婴儿。而且那些因各种原因导致精子畸形的人也不会有这种荣誉。
只有优秀的精子可以与卵子结合孕育健康的婴儿，而那些畸形精子是没有机会与卵子结合的，所以正常范围内的畸形精子并不足以威胁到下一代的健康。
