北京好的男科医院是：中国人民解放军总医院、北京大学第一医院、中国医学科学院北京协和医院、北京大学第三医院、北京大学人民医院。
第一名：中国人民解放军总医院
中国人民解放军总医院(以下简称“解放军总医院”)，位于北京市海淀区南部，万寿路街道复兴路28号，是集医疗、保健、教学、科研、预防、康复、核生化防护、医学救援于一体，向建设军队医院迈进的大型现代化综合性医院。
医院前身是军委直属机关医院，红色血脉可追溯至1927年八一南昌起义，伴随着人民军队的创建发展，在炮火硝烟中艰难孕育成长。1953年8月5日，在毛主席、周总理、朱总司令等开国元勋的亲切关怀下正式组建，1954年8月4日改称解放军第三〇一医院，1957年6月6日改为解放军总医院，1958年11月4日，成立军医进修学院(2012年4月更名为解放军医学院)，开启医院办学先河。
第二名：北京大学第一医院
北京大学第一医院(简称“北大医院”)创建于1915年2月15日(大年初二)，是一所融医疗、教学、科研、预防、公共卫生为一体的大型综合性三级甲等医院，是中央保健基地医院。
百余年来，北大医院拥有着一批国内的首创专业学科以及在我国率先开展的诊疗技术，如国内首创儿科教研室(1929)、泌尿外科(1946)、肾脏病专业(1950)、综合医院心血管病房(50年代)、儿科神经专业(1961)等;在国内率先开展改进静脉麻醉(1951)、先心手术(50年代)、肾移植(1960)、引进人工晶体植入术(1983)、冠心病介入性治疗(1986)、胸腔镜手术(1992)、第一台自体血液回收机(1997)、微创切口肺移植(2005)、经皮心室重建术(2013)等，为我国的医学事业作出了卓越的贡献。
北大医院设有36个临床科室、11个医技科室、1个研究科室、4个研究所;共有59个病房，开放床位1805张。日均门诊量1万人次左右，年收治病人近10万人，手术近4万余例。医院在职职工3700余人，其中正高级职称300余人，副高级职称近400人，泌尿外科郭应禄教授于1999年当选为中国工程院院士。
第三名：中国医学科学院北京协和医院
北京协和医院是集医疗、教学、科研于一体的现代化综合三级甲等医院，是国家卫生健康委指定的全国疑难重症诊治指导中心，早承担干部保健和外宾医疗任务的医院之一，也是高等医学教育和住院医师规范化培训示范基地，临床医学研究和技术创新的核心基地。以学科齐全、技术力量雄厚、特色专科突出、多学科综合优势强大享誉海内外。在国家三级医院绩效考核中两次，在复旦大学医院管理研究所公布的《中国医院排行榜》中连续十二年名列。
第四名：北京大学第三医院
北京大学第三医院崇礼院区(原崇礼区人民医院)始建于1956年，2015年1月迁入现址,是崇礼区唯一一所三级综合性医院。是本区城镇职工基本医疗保险、城乡居民医疗保险、跨省异地就医定点医院。
院区总占地面积2.67公顷，现有建筑面积20215平方米，编制床位200张，在职职工270人左右，其中正高级职称2人，副高级职称17人，中级职称21人。设有14个临床科室(儿科、急诊、内科、骨科、普外科、妇产科、手术室、眼科、口腔科、耳鼻喉科、中医科、皮肤科、体检科、康复科);7个病区(急诊、儿科、内一、内二、外科、妇产科、传染病区);6个医技科室(检验科、超声室、心电科、放射科、体检科、TCD室);13个职能科室(党政办、人事科、科、院工会、财务科、医务科、信息科、护理部、病案室、医保办、挂号收费处、药房、院感科)。院区配有西门子16排螺旋CT机、四维彩色超声机、DR数字化X线摄影机、全自动生化分析仪、鼻内窥镜系统、腹腔镜系统等大型医疗设备，配置救护车8辆。安装有HIS(医院信息管理系统)、PACS(医学影像信息系统)、EMR(电子病历系统)和LIS(实验室信息管理系统)、医保管理系统。设有百级手术室1间、万级2间。年诊疗人次超过8万，手术量超过200例。
第五名：北京大学人民医院
北京大学人民医院创建于1918年，前身为“中央医院”，中国现代医学先驱伍连德博士任首任院长。作为中国人自行筹资创建的第一家西医综合医院，亚洲第一例异体同基因骨髓移植、支血源性乙肝疫苗、台体外震波碎石机，诞生在这里。经过一个世纪的发展，医院现已成为集医疗、教学、科研、保健为一体的现代化综合性三级甲等医院。北京大学人民医院将推进“一二三四工程”作为发展战略，以推动医院高质量发展为战略目标，以医教研管服协同发展和集成创新发展为主线，实施人才战略、空间战略、运营战略三轮驱动，努力实现患者满意、员工满意、社会满意、国家满意的奋斗目标。
医院综合实力处于国家第一方阵，拥有血液病、胸外及胸部微创、严重创伤救治三大院士团队，作为国家创伤医学中心、国家血液系统kaiyun全站网页版登陆临床医学研究中心，和首批国家疑难病症诊治能力提升工程项目组长单位，成为国家医学进步的重要引擎。
