南京好的治疗男科的医院排名是：江苏省人民医院、南京鼓楼医院、东南大学附属中大医院、江苏省中医院、南京大学医学院附属金陵医院。
第一名：江苏省人民医院
江苏省人民医院，暨南京医科大学第一附属医院、江苏省临床医学研究院、江苏省红十字医院。江苏省妇幼保健院作为江苏省人民医院妇幼分院，实行一体化管理。
医院是国家重大疫情救治基地、国家(江苏)紧急医学救援队承建单位，承担国家疑难病症诊治能力提升工程建设项目。现有国家重点学科1个,国家临床重点专科19个;省临床医学研究中心5个,江苏高校优势学科1个,省重点学科2个,省“国家重点学科”培育建设点1个,省“科教强卫”工程临床医学中心4个、医学重点学科(实验室)13个，省级医疗诊治中心5个，省级专科(病)诊疗中心8个,省级临床重点专科34个。
第二名：南京鼓楼医院
医院始终坚持医院公益性，圆满完成汶川地震救治、H7N9禽流感防治以及新冠疫情防控救治等各项应急保障任务，为全省紧急医学救援基地。医院每年有多位医护人员志愿到非洲等地开展帮扶合作，其中，第27期援桑医疗队被国家卫健委授予“全国援外医疗工作集体”。此外，医院加快推进区域分级医疗体系构建，组建南京鼓楼医院集团，目前包括18家医疗单位。并与50家基层医疗单位和社区卫生服务中心建立了区域协同医疗合作模式，20多个学科建立了专科联盟，帮助受援医院全面提升综合水平。
第三名：东南大学附属中大医院
医院拥有国家临床重点专科：重症医学科、医学影像学;江苏省优势学科：医学技术学;江苏省重点学科：临床医学;江苏省临床医学研究中心：医学影像与介入放射、肾脏病;江苏省专科(病)诊疗中心：重症医学中心、介入放射诊疗中心;江苏省临床医学中心:医学影像与介入放射诊疗临床医学中心;江苏省医学重点学科:重症医学、肾脏病学、心血管病学、血液病学;江苏省临床重点专科(27个)：介入放射科、普通外科、心血管内科、骨科、血液内科、急诊医学科、消化内科、肾脏内科、神经内科、内分泌科、麻醉科、肿瘤科、重症医学科、整形外科、病理科、儿科、妇产科、医学影像科、泌尿外科、呼吸内科、老年医学科、药学、超声诊断科、医学检验科、心理精神科、康复医学科、神经外科;博士后科研流动站：临床医学;Ⅰ级学科博士学位授予点：临床医学;13个校级研究所，形成了一个较为合理的学科梯队。
第四名：江苏省中医院
江苏省中医院(南京中医药大学附属医院)创建于1954年10月，为全国首批成立的省级中医医院之一，首任院长叶橘泉为中科院学部委员。
建院60多年来，经过几代人的励精图治，辛苦耕耘，坚持以中医为本，突出中医药特色优势，国医大师、名医群体荟萃。为适应社会需求，医院不断提高重危及疑难病症的诊治能力，加强中西医结合工作，综合实力显著增强，学术水平和诊疗能力不断提升，持续保持在全国中医系统的地位，现已成为全国著名具有浓厚文化底蕴的大型综合性三级甲等中医院。医院先后荣获“全国省级示范中医院”、“全国卫生系统集体”、“全国百佳医院”、“全国医院文化建设单位”、“江苏省文明单位标兵”、“全国文明单位”、“全国人文爱心医院”、“全国敬老文明号”、“全国卫生健康系统新冠肺炎疫情防控工作集体”等光荣称号。
第五名：南京大学医学院附属金陵医院
东部战区总医院组建于2018年11月，以原南京军区南京总医院、原第八十一医院(含八十六临床部)、原第八十二医院(含一四九临床部)、原第三五九医院为基础，纳入驻宁及周边地区机关院校15家门诊部。
医院现拥有国家、军队、军区和江苏省重点学科34个。拥有2名中国工程院院士、1名长江学者、4名百千万人才工程人选。先后有49人获得政府特殊津贴，17人次获得"何梁何利奖""国家突出贡献中青年专家""国家杰出青年基金"等重大奖项。
